Эпизод 06 - Утрата дроида
"Доверься другу и тогда друг доверится тебе"

Премьера эпизода: 7 ноября 2008
Сценарий: George Krstic
Режиссер: Rob Coleman
Действующие лица: генерал Гривус, Анакин Скайуокер, R2-D2; Асока Тано, R3-S6; космический мусорщик Га Нахт

Сюжет: После ужасных и сокрушительных поражений от рук генерала Гривуса республиканский плацдарм на внешних рубежах в опасности. На защиту стратегически важного мира Ботавуи послали Анакина Скайуокера и его, изнуренную в битвах, команду, чтобы не позволить армии дроидов захватить систему. Во время одного из жестоких космических сражений потерян R2-D2 . Анакин должен найти его прежде, чем Сепаратисты обнаружат военные тайны Джедаев, сохраненные в его памяти.

Эпизод 07 - Дуэль дроидов
"Держитесь друзей, чтобы сердце ваше не стало холодным как разум"

Премьера эпизода: 14 ноября 2008
Сценарий: Kevin Campbell и Henry Gilroy
Режиссер: Rob Coleman
Действующие лица: генерал Гривус, Анакин Скайуокер, R2-D2, Асока Тано, R3-S6, космический мусорщик Га Нахт, капитан клонов Рекс

Сюжет: Героический дроид-навигатор Анакина Скайуокера R2-D2 без вести пропал в битве. После тщетных поисков R2 Анакин был вынужден взять нового навигатора R3-S6. Джедаям поручили новое опасное задание - обнаружить секретную вражескую станцию прослушивания. Тем временем контрабандист захвативший R2-D2 собирается продать его генералу Гривусу, который жаждет заполучить секреты Республики хранящиеся в дроиде. Анакин, Асока и дроид R3-S6 выполняя задание обнаруживают секретную вражескую станцию прослушки, и узнают, что R2 находится на ней в плену у генерала Гривуса.

Эпизод 08 - Джедая бомбад
"Героев создает время"

Премьера эпизода: 21 ноября 2008
Сценарий: Kevin Rubio
Режиссер: Jesse Yeh
Действующие лица: Падме Амидала, сенатор Онаконда Фарр, Джа Джа Бинкс, C-3PO, наместник Нут Ганрей
Место действия: Родия

Сюжет: Война клонов угрожает целостности Республики! Пока по всей галактике бушуют битвы всё большее число миров соблазняется на посулы сепаратистов и покидают Республику. Сенатор Падме Амидала, 3PO и Джа Джа Бинкс с важным посланием отправляются к дальним рубежам, чтобы убедить один из миров - Родию, сохранить верность Республике, но попадают в ловушку. Неужели Джа Джа Бинкс является Рыцарем Джедаев? Так думают Сепаратисты, когда комичный гунган в накидке джедая и C-3PO храбро сражаются, чтобы спасти Падме Амидалу от гибели от рук злого наместника Нута Ганрея.

Эпизод 09 - Маска тьмы
"Не бойся идти наперекор своим инстинктам"

Премьера эпизода: 5 декабря 2008
Сценарий: Paul Dini
Режиссер: Dave Filoni
Действующие лица: Асока Тано, магистр-джедай Луминара Ундули, наместник Нут Ганрей, граф Дуку, Асажж Вентресс, Командующий клонов Грей, Капитан Охраны Сената Аргиус

Сюжет: Наместник Ганрей в плену! Сенатор Падме Амидала одержала победу над сепаратистами на далёкой планете Родия, арестовав жестокого лидера Конфедерации Нута Ганрея. Совет джедаев направил магистра Люминарию Ундули и и Асоку - падавана Анакина Скайуокера, чтобы они сопроводили наместника на Корускант под усиленной охраной. Там он ответит перед судом за многочисленные военные преступления. Асока и магистр-джедай Люминария и не подозревают, что граф Дуку послал своего ученика - убийцу Асажж Вентресс, чтобы освободить заключенного и устранить джедаев.

Эпизод 10 - Логово Гривуса
"Могущества достигает лишь тот, кто контролирует свою силу"

Премьера эпизода: 12 декабря 2008
Сценарий: Henry Gilroy
Режиссер: Atsushi Takeuchi
Действующие лица: Магистр-джедай Кит Фисто, рыцарь-джедай Нахдар Вебб, наместник Нут Ганрей, генерал Гривус, граф Дуку, ремонтный дроид A-4D
Место действия: Вассек

Сюжет: Злобный лидер сепаратистов Нут Ганрей сбежал из-под стражи по дороге на Корускант, где ответил бы за военные преступления. С помощью зловещих агентов графа Дуку, подлый наместник совершил дерзкое бегство. Получив известие о наглом побеге, Магистр-джедай Кит Фисто проследил за угнанным кораблём до отдалённой ситемы, надеясь вновь вернуть Ганрея в руки правосудия. Но оказалось, что граф Дуку специально заманил Кита Фисто и его бывшего падавана Нахдара Вебба в логово Гривуса, чтобы генерал смог доказать, что он достоен быть в рядах Сепаратистов победив джедаев.

Эпизод 11 - Плененный граф Дуку
"Извилист путь к миру, но бесценен, сколько бы препятствий на нем не было"

Премьера эпизода: 2 января 2009
Сценарий: Julie Siege
Режиссер: Jesse Yeh
Действующие лица: Оби-Ван Кеноби, Анакин Скайуокер, граф Дуку, Главарь пиратов Хондо Охнака, Турк Фальсо
Место действия: Корускант, Ванкор, Флоррум

Сюжет: После долгих и опасных поисков, джедаи, наконец, выследили лидера сепаратистов графа Дуку. Во время героической попытки схватить графа, пропал Анакин Скайукер. Потеряв связь со Скайукером, Оби-Ван Кеноби направился туда, откуда Анакин связывался с ним в последний раз - на фрегат сепаратистов, одиноко дрейфующего на окраине дальных рубежей. Позже джедаи узнают, что Лорд Ситхов уже захвачен пиратами.