Эпизод 17 - Вирус "Синий Призрак "
"Страх - это болезнь, единственное лекарство от него - надежда"

Премьера эпизода: 13 февраля 2009
Сценарий: Craig Titley
Режиссер: Giancarlo Volpe
Действующие лица: Падме Амидала, Джа Джа Бинкс, Анакин Скайуокер, Асока Тано, Оби-Ван Кеноби, С-3PO, доктор Нуво Винди
Место действия: Набу

Сюжет: Боевые дроиды на Набу. Мятежные сепаратисты свирепствуют в Галактике, и угрожают даже мирным планетам. После обнаружения на полях Набу дроидов сепаратистов, планета вновь находится в повышенной боеготовности. Опасаясь нового вторжения на свою родину сенатор Падме Амидала и делегат Джа Джа Бинкс спешат на Набу для оценки ситуации. Но вскоре окажется, что близ болот гунганов скрыта более серьёзная угроза чем дроиды. И во время поисков этой угрозы - секретной Сепаратистской лаборатории био-оружия Падме и Джа Джа попадают в плен. Анакин, Оби-Ван и Асока, должны спасти своих друзей и остановить выпуск смертельного вируса.

Эпизод 18 - Тайна Тысячи Лун
"Иногда лишь случайность может спасти галактику"

Премьера эпизода: 13 февраля 2009
Сценарий: Brian Larsen
Режиссер: Jesse Yeh
Действующие лица: Падме Амидала, Анакин Скайуокер, Асока Тано, Оби-Ван Кеноби, R2-D2, доктор Нуво Винди, Джибо Худ
Место действия: Набу, Айего

Сюжет: Джедаи и их доблестные клоны сорвали хитрый план сепаратистов по размещению бомб со смертельным вирусом "Синий Призрак" в важных системах Республики. Оби-Ван Кеноби и Анакин Скайуокер пленили подлого ученого доктора Нуво Винди не дав воплотить его гнусную затею. Однако угроза заражения смертельным вирусом "Синий Призрак " все еще цела. Случайно заражаются Асока, Падме и множество солдат-клонов. У Анакина и Оби-Вана есть только 48 часов, чтобы найти противоядие на таинственной планете, с которой ещё никто не возвращался.

Эпизод 19 - Битва при Рилоте
"Тяжек путь, ведущий к величию"

Премьера эпизода: 27 февраля 2009
Сценарий: George Krstic
Режиссер: Brian Kalin O'Connell
Действующие лица: Анакин Скайуокер, Асока Тано, Адмирал Юларен, R2-D2
Место действия: Рилот

Сюжет: Вторжение на планету Рилот! Из-за блокады планеты флотом сепаратистов и жестокой оккупации дроидами народ Рилота голодает. Злобный лидер сепаратистов Ват Тамбор правит железной рукой. В ответ на запрос сената Великая Армия Республики готовит наступление, чтобы освободить систему. Анакин Скайуокер и его падаван Асока должны подготовить плацдарм для наземного вторжения Оби-Вана. Асока не повинуется приказам Анакина и теряет большую часть своего эскадрона - что вынуждает Анакина преподать своему падавану урок об уважении к старшим и их власти и предоставляет ей возможность искупить свою вину.

Эпизод 20 - Невинные жертвы Рилота
"Невозможно исчислить цену войны"

Премьера эпизода: 6 марта 2009
Сценарий: Randy Stradley и Henry Gilroy
Режиссер: Justin Ridge
Действующие лица: Оби-Ван Кеноби, Мейс Винду, коммандер клонов Коди, клоны Ваксер и Бойл, девочка тви'лек Нума
Место действия: Рилот

Сюжет: Лидер сепаратистов Ват Тамбор взял под контроль планету Рилот и загнал население под жестокий гнёт дроидов. В неожиданной и дерзкой атаке джедай Анакин Скайуокер и его падаван, Асока Тано, разрушили космическую блокаду, ограждавшую планету. Теперь Генералы Мейс Винду и Оби-Ван Кеноби возглавили крупномасштабное вторжение, чтобы освободить голодающих тви'леков. Чтобы остановить мощное сепаратистское оружие, Оби-Ван и небольшой отряд клонов проникают в занятый сепаратистами город и обнаруживают, что его жители используются как живой щит.

Эпизод 21 - Освобождение Рилота
"Компромисс - это достоинство, которое нужно развивать, а не слабость, которую нужно презирать"

Премьера эпизода: 13 марта 2009
Сценарий: Henry Gilroy
Режиссер: Rob Coleman
Действующие лица: Мейс Винду, Ват Тамбор, Хан Синдулла
Место действия: Рилот

Сюжет: Победа Республики уже близко! Солдаты-клоны под командованием джедаев успешно вторглись в оккупированный сепаратистами мир - Рилот. Анакин Скайуокер сражается против врага в небе, в то время как Оби-Ван Кеноби освобождает население от власти мерзкого лидера сепаратистов Вата Тамбора. Генерал-джедай Мейс Винду возглавляет атаку в финальной операции по освобождению столицы Лессу. Испытывая нехватку сил, Мейс Винду должен убедить борца за свободу тви'лека Хана Синдуллу помочь ему спасти столицу от разрушения дроидами.

Эпизод 22 - Кризис с заложниками
"Общая тайна должна быть укреплена доверием"

Премьера эпизода: 20 марта 2009
Сценарий: Eoghan Mahony
Режиссер: Giancarlo Volpe
Действующие лица: Король преступников Зиро Хатт, наемные убийцы Кад Бейн, Аурра Синг, Робонино и Шахана Алама, Канцлер Палпатин, Анакин Скайуокер, Падме Амидала
Место действия: Корускант

Сюжет: Возникла угроза! Несмотря на победы на Внешних рубежах, в самом сердце Республики зреет преступный заговор. Охотник за головами Кад Бейн собрал самых опасных преступников Галактики и планирует дерзкий захват членов Сената, чтобы освободить короля преступников Зиро Хатта. Наемные убийцы берут под контроль здание Сената и захватывают заложников, но они не догадываются, что здесь же находится рыцарь-джедай Анакин Скайуокер .

Конец 1 сезона