Эпизод 12 - Генерал Гунган
"Лучше проиграть с честью, чем преуспеть с помощью обмана"

Премьера эпизода: 9 января 2009
Сценарий: Julie Siege
Режиссер: Justin Ridge
Действующие лица: Анакин Скайуокер, Оби-Ван Кеноби, граф Дуку, главарь пиратов Хондо Охнака, Турк Фальсо, Джа Джа Бинкс
Место действия: Корускант, Флоррум

Сюжет: Дуку держат с целью выкупа. Сбежав от джедаев - Анакина Скайуокера и Оби-Вана Кеноби, граф Дуку угодил в лапы пиратов, возглавляемых бандитом Хондо Охнака. Стремясь заполучить Дуку, Республика согласилась выплатить Хондо огромную сумму в обмен на Лорда Ситхов. Но джедаи недооценили вероломное коварство Охнаки и его банды. Договариваясь с пиратами о выкупе графа Дуку, Анакин и Оби-Ван сами захвачены ими в плен. Джедаи и Лорд Ситхов заключают неожиданный союз, чтобы увеличить шансы побега, и Джа Джа Бинкс их единственная надежда.

Эпизод 13 - Крушение джедаев
"Жадность и страх потерь - вот корни древа зла"

Премьера эпизода: 16 января 2009
Сценарий: Katie Lucas
Режиссер: Rob Coleman
Действующие лица: Анакин Скайуокер, Асока Тано, Аайла Секура, капитан клонов Рекс, коммандер клонов Блей, вождь лурменов Ти Ватт Kaa, Ваг Ту
Место действия: Меридан

Сюжет: Война распространяется на спорные территории дальних рубежей и Флот Республики сдаёт позиции. Беспорядки и ужас нарастают. В грандиозных битвах армия сепаратистов уничтожает малочисленный флот Республики. Через всю галактику Анакин Скайуокер и его падаван Асока, спешат на помощь магистру-джедаю Аайле Секуре, которая из последних сил сдерживает натиск зловещей армии дроидов. И когда Анакин серьезно ранен в сражении, магистр-джедай Аайла Секура должна обучить Асоку философии отказа от личных привязанностей, в то время как они высаживаются на враждебную планету в поисках медицинской помощи для рыцаря джедаев.

Эпизод 14 - Защитники Мира
"Когда вокруг бушует война, то придется выбирать сторону"

Премьера эпизода: 23 января 2009
Сценарий: Bill Canterbury
Режиссер: Steward Lee
Действующие лица: Анакин Скайуокер, Асока Тано, Аайла Секура, капитан клонов Рекс, Ти Ватт Каа, генерал Лок Дюрд
Место действия: Меридан

Сюжет: Войска Республики отступают. Спасая Аайлу Секуру от неминуемого поражения, серьёзно пострадал Анакин Скайуокер. Едва спасшись, наши герои совершили вынужденную посадку на далёкой планете Меридан. В тяжёлом положении и без средств связи с Республикой, джедаи получили медицинскую помощь от миролюбивых поселенцев - лурменов. Но вслед за джедаями, даже на эту крошечную планетку приходит война. И в то время пока джедаи сражаются против нового оружия Сепаратистов, миролюбивые лурмены должны решить - сдадутся ли они Сепаратистам или будут сражаться рядом с джедаями.

Эпизод 15 - Посягательство
"Гордыня и мудрого к гибели приведёт"

Премьера эпизода: 30 января 2009
Сценарий: Steve Melching
Режиссер: Brian Kalin O'Connell
Действующие лица: Анакин Скайуокер, Оби-Ван Кеноби, Сенатор Чучи, Председатель Чо, Вождь талзов Тай-Сен, R2-D2, C-3PO
Место действия: Орто Плутония

Сюжет: Разгромлен аванпост Республики! Джедаи потеряли связь с силами безопасности клонов, расположенными на суровой, заснеженной планете Орто-Плутония. В сопровождении высокопоставленных лиц с ближайшей луны Панторы, Оби-Ван Кеноби и Анакин Скайуокер, направляются в неприветливую и безлюдную местность расследовать исчезновение солдат-клонов и попадают в центр возрастающего конфликта между пушистыми территориальными жителями пустынного ледяного мира и жадными представителями соседней луны.

Эпизод 16 - Скрытый враг
"Правда просвещает ум, но не всегда приносит счастье сердцу"

Премьера эпизода: 6 февраля 2009
Сценарий: Drew Greenberg
Режиссер: Steward Lee
Действующие лица: Анакин Скайуокер, Оби-Ван Кеноби, капитан клонов Рекс, командующий клонами Коди, Асажж Вентресс
Место действия: Кристофсис

Сюжет: Планета в осаде! Войска сепаратистов безжалостно разрушают красивую и изысканную планету Кристофсис. Не в силах больше держать оборону, народ Кристофсиса обратился за помощью к джедаям. В надежде спасти жизни и не допустить дальнейшее разрушение планеты, Оби-Ван и Анакин придумывают план, как переломить ситуацию в борьбе за эту ключевую систему. Однако, пытаясь освободить планету Кристофсис от Сепаратистской осады, Анакин и Оби-Ван обнаруживают свидетельство предательства в своих рядах.